Παρά τα αρκετά γραπτά του που παρατίθενται στην εργασία αυτή, εντούτοις δεν έχουμε μέχρι σήμερα επαρκή στοιχεία για τη ζωή του Γιάννη Μαγκανάρα. Γνωρίζουμε, όμως, ότι τόσο αυτός όσο και όλοι οι υπόλοιποι Μαγκανάρηδες κατάγονται από τον Ιωάννη Μαγκανάρο, ο οποίος ήταν Γάλλος απόφοιτος της Στρατιωτικής Σχολής Παρισιού, αξιωματικός του Ναπολέοντα και φιλέλληνας. Στην Ελλάδα έφτασε, μάλλον, μέσω Κεφαλονιάς, κατά τη διάρκεια της Επανάστασης του 1821, προφανώς για να πολεμήσει και κατέληξε στο Μεσολόγγι με την ομάδα του Μπάιρον. Ο ίδιος και η οικογένεια που έκανε μετά έμειναν στην Ελλάδα και άλλαξαν το επώνυμό τους σε Μαγκανάρας. Η οικογένεια απλώθηκε στην Πάτρα, το Μεσολόγγι, την Σύρο, το Ναβαρίνο, την Κόρινθο και, αργότερα, την Αθήνα. Ο ένας από τους τρεις γιους του ήταν ο Μιλτιάδης Μαγκανάρας, πατέρας του Γιάννη, ο οποίος εγκαταστάθηκε στην Κόρινθο, όπου γεννήθηκε ο Γιάννης Μαγκανάρας.

Ο Ρένος Αποστολίδης, ο οποίος είχε συναντηθεί με μέλη της ευρύτερης οικογένειας Μαγκανάρα, είχε πει ότι το όνομα Μαγκανάριος ήταν από το Βυζάντιο, ότι τα περισσότερα μέλη της οικογένειας αυτής ήταν καλά αμειβόμενοι μηχανικοί και ανήκαν στη μεσαία αστική τάξη.

Δεν γνωρίζουμε τίποτα για σπουδές ή άλλες σχετικές ασχολίες του Γιάννη Μαγκανάρα, αλλά είναι επιβεβαιωμένο ότι ήταν γνώστης της γαλλικής γλώσσας καθώς και των αναρχικών και άλλων επαναστατικών ιδεών της εποχής του. Εγκαταστάθηκε στην Πάτρα το 1893, προερχόμενος από την Κόρινθο και εργάσθηκε ως δημοσιογράφος κυρίως στην εφημερίδα «Πελοπόννησος». Το 1895 αγόρασε από τον Αλέξανδρο Ευμορφόπουλο την εφημερίδα «Επί τα Πρόσω», η οποία έγινε το βασικότερο όργανο διάδοσης των αναρχικών ιδεών στην Πάτρα και τη γύρω περιοχή τα τελευταία χρόνια της δεκαετίας του 1890.